洁净区
（1）洁净室内表面平整、光滑、无脱落物，墙角应弧形，有防尘、虫、污设施。
（2）人和物进入洁净室应有双层窗。门向洁净度高一侧开。应该设置门。
（3）人流、物流分开并固定路线。
（4）水、电线路暗敷。管道及风口与顶棚连接处密封，电气管路、墙上电器与墙体连接处密封，吸顶灯与顶棚连接处密封。
（5）操作台台面不应用木头、油漆面，应易清洁。
送风管或过滤器密封不好
这种现象是施工粗糙造成的，在验收时会表现出在同一系统中某个房间或局部不合格，改进的方法是，送风管采用漏光试验法检漏，过滤器用粒子计数器对过滤器的断面、封胶、安装框架进行扫描，找出泄露位置，精心密封。
回风管道或回风口设计、调试不好
在设计方面的原因，有时因空间所限未能采用“顶送侧回”或者回风口数量不够，在设计方面的原因排除后，回风口的调试也是重要的工工环节。如果调试不好，回风口阻力过大，回风量小于送风量，也会造成洁净实验室洁净度不合格。另外在施工中，回风口离地面的高度对洁净度也有影响。
过滤装置性能
室内空气净化主要靠过滤装置，经过优良的过滤器可以保证向室内输送洁净空气。对5μm以上颗粒滤除效果达到99、99%以上，可有效去除空气中的各种颗粒，否则不能保证对微生物的洁净效果。
足够的换气次数
由于洁净实验室内人员及操作活动，可以不断产生尘埃和颗粒，这些颗粒需要不断的换气将其带走，如果没有足够的换气量，将会使室内颗粒浓度越来越高。